Rozwój muzeum z jego bogatą i różnorodną kolekcją miał miejsce w trzech kolejnych siedzibach: w kapitularzu katedry, w seminarium duchownym i w Domu Długosza.

Te trzy zabytkowe budowle były i pozostają nadal symbolem ciągłości lokalnej historii i dobrze znanymi, charakterystycznymi elementami sandomierskiej ikonosfery.

Kapitularz Katedry – pierwsza siedziba Muzeum Diecezjalnego

Myśl założenia Muzeum Diecezjalnego dojrzewała w Sandomierzu od połowy XIX wieku i była wyrazem troski środowiska kościelnego o zabytki przeszłości. Muzeum Diecezjalne powstało w 1902 r. z inicjatywy ks. Józefa Rokosznego (1870-1931) kanonika kapituły katedralnej, profesora Seminarium Duchownego, który urzeczywistnił myśl otaczania opieką zabytków, propagowaną wśród księży profesorów sandomierskiego Seminarium Duchownego. Sandomierz był miejscem, gdzie prężnie działało kościelne środowisko naukowe. Zaznaczyło się ono kręgiem kapłanów, których wyrazistą cechą był żarliwy patriotyzm, umocniony głęboką wiedzą o dziejach ojczystych i kościelnych. Kapitularz – pomieszczenie usytuowane nad zakrystią, spełniał istotną funkcję w katedrze, był miejscem zebrań kapituły katedralnej, a dawniej kolegiackiej, a także archiwum, biblioteką i skarbcem. W kapitularzu w trakcie posiedzeń kapituły podejmowano ważne decyzje związane z liturgią, sprawami gospodarczymi, zarządzaniem dobrami pozostającymi pod nadzorem kapituły. Kapitularz był także świadkiem mecenatu fundatorskiego kanoników, którzy kierowali sprawami fabrica ecclesiae. Decyzja kapituły o gromadzeniu pierwszych zabytków muzealnych w kapitularzu, który nieprzerwanie od czterech wieków pełnił funkcję sali posiedzeń kapituły, wydaje się być kontynuacją idei postrzegania go jako symbolu trwania i ciągłości dziedzictwa Kościoła partykularnego. Kapitularz porównywany był do puławskiej Świątyni Sybilli, poprzez zgromadzone tam pamiątki określany jako sancta sanctorum narodowych dziejów. W protokołach kapituły katedralnej sandomierskiej z 9 września 1902 r. zapisano, że ks. Rokoszny zwrócił się z prośbą, aby kapituła swoją powagą i wpływem przyłożyła się do urządzenia chociaż w małych na początek rozmiarach Muzeum Diecezjalnego, w którym byłyby przechowywane stare pamiątki kościelne i narodowe. Kapituła poleciła, aby na początek gromadzić pamiątki w kapitularzu.
Wiadomość o utworzeniu muzeum dotarła do środowisk naukowych. W kwietniu 1903 r. krakowski „Czas” zamieścił informację, gdzie czytamy m.in.:
„W Sandomierzu utworzone zostało przy katedrze muzeum diecezjalne i pomimo krótkiego dotąd czasu istnienia jest ono już wcale zajmującem. […] Kapitularz, w którym na początek zbiory pomieszczone, okazuje się obecnie za ciasnym. Tyle w stosunkowo niedługim czasie zdołała zdziałać gorliwość kilku zapobiegliwych i wykształconych kapłanów. Przykład to godny naśladowania”.
W kapitularzu brakowało odpowiedniej przestrzeni do wyeksponowania zgromadzonych tam zbiorów.

Seminarium Duchowne – druga siedziba Muzeum Diecezjalnego

W 1906 roku zbiory Muzeum Diecezjalnego zostały przeniesione do nowej siedziby w Seminarium Duchownym, w dawnym klasztorze Panien Benedyktynek. Kiedy nie można było uratować sandomierskiego klasztoru, któremu groziła likwidacja w oparciu o przepisy ukazu carskiego z 1864 roku, nakazującego kasowanie klasztorów skupiających mniej niż osiem zakonnic, ks. Stanisław Zdzitowiecki, administrator diecezji sandomierskiej, by przeciwstawić się planom urządzenia w klasztorze siedziby władz powiatowych i koszar dla wojska, a w kościele św. Michała cerkwi, zwrócił się 21 maja 1902 r. do władz państwowych z propozycją przekazania ich na siedzibę seminarium. Zamierzenia ks. Zdzitowieckiego zrealizował biskup Aleksander Stefan Zwierowicz.
Do roku 1906 dawny klasztor gruntownie odrestaurowano i rozbudowano, a także urządzono na nowo jego wnętrza, wyznaczając również miejsce na siedzibę Muzeum Diecezjalnego. Muzeum urządzono w trzech pomieszczeniach usytuowanych na parterze, w dawnym pawilonie południowym klasztoru, wzniesionym w XVII w.
Muzeum zostało udostępnione publiczności. Zgodnie z intencją założyciela, Muzeum Diecezjalne miało służyć publicznym celom, ale także stanowić zaplecze zajęć dydaktycznych w Seminarium Duchownym. Ks. Józef Rokoszny połączył w swoich dążeniach funkcję profesora seminarium, z praktyką muzealnika. Muzeum Diecezjalne i Seminarium Duchowne, uważał za ściśle powiązane instytucje.
Opis sal muzealnych ks. Rokoszny zamieścił w swoim Przewodniku po Sandomierzu, wydanym w 1909 r.
W pierwszej Sali wielka szafa z wykopaliskami przedhistorycznemi, a więc kilkadziesiąt urn z okolic Sandomierza, wyroby krzemienne, narzędzia kamienne, brązowe, żelazne, kości olbrzymie, zęby mamuta, kieł słonia. Obok ceramika – cegły, różnego kształtu i o różnych ozdobach, niektóre glazurowane, inne jakby wykładane mozaiką. Szafa starożytna z okuciem z 15 w. i ciekawemi szufladkami polichromowanemi. Na niej cyborium w kształcie olbrzymiej kuli, podtrzymywanej przez dwóch aniołów. Na półce pod szafą kilkanaście kafli malowanych z 17 w. Przy oknie żelastwo: wielkie zamki, kłódki, klucze. W rogu szafka z biblioteką z drzew: każda książka zrobiona z innego drzewa, wszystkich 119 (są tu tylko drzewa rosnące w radomskiej guberni). Każda książka ma korę drzewa, drzewo w przecięciu, heblowane, politurowane, gałązkę, liść kwiat, owoc, wiórki, trociny, węgiel, popiół – i opis.
W drugiej Sali: szafa z porcelaną, przeważnie dawną ćmielowską, gablota z drobiazgami (strzały tatarskie, znaki cechowe, zegarki, kompasy, pierścienie etc.), gablota pod oknem z obrazkami Matki Bożej, druga z wzorami dawnych złotych koronek i galonów, w szufladach pasy. Na środku dawny stół pokryty dywanem perskim, dokoła stare fotele. Na ścianach między oknami: ryngrafy, koszulka żelazna, skóra kurdybańska. Naprzeciw duża szafa z
ornatami starożytnymi (15 i 17 w.), kilkanaście ciekawych materii haftów, kilkadziesiąt palek. Na ścianach obrazy malowane na drzewie: Zwiastowanie, Matka Boska z Dzieciątkiem, tryptyk: święta Brygida w trzech epokach życia. We wnęce: rzeźba św. Anna Samotrzecia.
W trzeciej Sali zgromadzone zostały zabytki, które obejmowały materialne dziedzictwo, składające się na blisko trzechsetletnie wyposażenie klasztoru i kościoła Panien Benedyktynek w Sandomierzu: drzwi rzeźbione a jour które oddzielały ich kaplicę od kościoła, piec gdański z XVII wieku z malowanych kafli; meble, dywany, organki, relikwiarze, pasy umartwień.
Muzeum Diecezjalne w Seminarium Duchownym zostało zamknięte w dniu 15 sierpnia 1936 r. W dniu 21 sierpnia 1936 r. biskup Lorek zawarł umowę z Karolem Estreicherem jun., w której zobowiązał go do wykonania następujących czynności:
Przenieść, rozplanować i urządzić mieszczące się dotąd w gmachu Seminarium Duchownego w Sandomierzu Muzeum Diecezjalne do Domu Długosza.

Dom Długosza – trzecia siedziba Muzeum Diecezjalnego.

Dzięki restauracji rozpoczętej w 1934 r. z inicjatywy biskupa Włodzimierza Jasińskiego, Dom Długosza odzyskał dawną świetność Nie udało się jednak wówczas urządzić w Domu Długosza Muzeum Diecezjalnego, projektu, który jeszcze w 1902 r. wysunęła kapituła katedralna, na wniosek ks. Józefa Rokosznego. Biskup Włodzimierz Jasiński nie dokończył rozpoczętego dzieła, bowiem w 1934 r. został mianowany biskupem diecezji łódzkiej.
Biskup Jan Kanty Lorek, który objął rządy Diecezją Sandomierską w dniu 9 czerwca 1936 r. podjął dzieło przeniesienia zbiorów z dotychczasowej siedziby w Seminarium Duchownym i urządzenia stałej siedziby Muzeum Diecezjalnego w Domu Długosza. Zaprosił on do współpracy dr Karola Estreichera jun., wówczas starszego asystenta w Zakładzie Historii Sztuki UJ, któremu powierzył urządzenie ekspozycji w Domu Długosza. Nadzór nad pracami miał sprawować ks. Edward Górski, kustosz muzeum. Uroczyste otwarcie Muzeum Diecezjalnego odbyło się 26 października 1937 r. Na łamach „Ilustrowanego Kuriera Codziennego” [wydanie z 29 października 1937 r.] opublikowano tekst zatytułowany: „Przybyła Polsce nowa ważna placówka kulturalna”, w którym poinformowano, że w Sandomierzu odbyły się piękne uroczystości otwarcia Muzeum Diecezjalnego, na które zjechały się wielkie ilości osób, przybyli przedstawiciele władz i duchowieństwa. Napisano również, że znaczenie muzeum sandomierskiego jest nie tylko lokalne, ale że stanie się ono z pewnością ośrodkiem pracy naukowej, zyskując znaczenie ogólnokrajowe, dodając, że przybyła nam jeszcze jedna instytucja o ważnym znaczeniu.
W ten sposób następcy zrealizowali myśl ks. Józefa Rokosznego o muzeum w Domu Długosza. W tych samych murach służy ono kolejnym pokoleniom zwiedzających. Jest symbolem trwałości sandomierskiego dziedzictwa i jego nieprzemijającej wartości. Kolejnym opiekunom muzeum udało się zatrzymać dawny układ ekspozycji, jej historyczny walor i szczególny charakter, choć miały miejsce modernizacje, a także wzbogacanie kolekcji.
Dzięki ekspozycji skomponowanej wedle takich zasad, w zgodzie z ideą epoki jego narodzin, muzeum zachowało swoją tożsamość, oryginalność, swoistość pośród polskich muzeów kościelnych. Ten historyczny walor sprawia, że sandomierskie Muzeum Diecezjalne może być dziś nazywane muzeum muzealnym. (opr. dr Urszula Stępień)